PHP 5.3.x へアップグレードすると，推奨されない関数が使用された際，Apache のエラーログに
PHP Deprecated: Function eregi_replace() is deprecated in /ho [...]
といったエラーが大量に吐き出されるようになりました．
大量のスクリプトを早急に修正することは無理なので，根本的な解決にはなりませんが一時しのぎとしてエラーが記録されないようにします．
/etc/php.ini を編集し，
error_reporting = E_ALL & ~E_NOTICE & ~E_DEPRECATED
このように修正すると Notice と Deprecated の出力が抑制されます．
最後に Web サーバに設定をリロードさせましょう．
$ sudo /etc/init.d/httpd reload
あとはスクリプトを修正するだけです ;-P