CentOS で yum update を行おうとすると以下のような種類のエラーが吐かれてしまうことがあります．
Error: Cannot retrieve repository metadata Could not retrieve mirrorlist Error: failure: repodata/primary.xml.gz Error: Cannot find a valid baseurl
どうも，ミラーから見にいくリポジトリに問題があるようです．
根本的な解決にはならないかと思いますが，/etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo を編集し，理研のリポジトリを直接見にいくように修正すると一時的にエラーは回避できます．
以下は修正箇所のみを書いています．
/etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo
[base] # mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=$releasever&arch=$basearch&repo=os baseurl=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/$releasever/os/$basearch/ gpgkey=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-5 [updates] # mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=$releasever&arch=$basearch&repo=updates baseurl=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/$releasever/updates/$basearch/ gpgkey=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-5 [addons] # mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=$releasever&arch=$basearch&repo=addons baseurl=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/$releasever/addons/$basearch/ gpgkey=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-5 [extras] # mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=$releasever&arch=$basearch&repo=extras baseurl=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/$releasever/extras/$basearch/ gpgkey=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-5 [centosplus] # mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=$releasever&arch=$basearch&repo=centospl baseurl=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/$releasever/centosplus/$basearch/ gpgkey=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-5 [contrib] # mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=$releasever&arch=$basearch&repo=contrib baseurl=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/$releasever/contrib/$basearch/ gpgkey=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-5 [dag] baseurl=http://ftp.riken.jp/Linux/dag/redhat/el4/en/$basearch/dag/ gpgkey=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-5
編集が終わったら yum clean all してから update してみましょう．
$ sudo yum clean all $ sudo yum update